1998 erfolgte seine Habilitation an der Katholisch-Theologischen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster mit der Arbeit «Das Konzil und die Orden. Krise und Erneuerung des gottgeweihten Lebens» und die Ernennung zum Privatdozenten. 1998 nahm er, zunächst als Lehrbeauftragter, seine Dozententätigkeit für Kirchengeschichte an der PTHV auf. 2001 wurde er ordentlicher Professor für Kirchengeschichte an der PTHV und übernahm im Frühjahr 2009 die Aufgabe des Dekans der Theologischen Fakultät. Von 2017 bis 2020 war er Vorsitzender des Katholisch-Theologischen Fakultätentages, dem er seit 2007 als Mitglied des Beirates und von 2015 bis 2017 schon und seit 2020 wieder als stellvertretender Vorsitzender angehört hatte.
Sein besonderes Forschungsinteresse galt synodalen Themen wie z.B. in von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Projekten, wie «Das Zweite Vatikanische Konzil und seine Rezeption in der deutschen Kirche» (2009–2011) und «Mitteleuropäische Nationalsynoden in der katholischen Kirche nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil» (2012–2014). Seit 2013 war er Herausgeber der Reihe «Europas Synoden nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil». Mit großem Engagement war Joachim Schmiedl seit 2016 am interkontinentalen Projekt «Vatican II – Legacy and Mandate: Intercontinental Commentary of the Councilʼs Documents, their Reception and their Orientation for Church and Theology» beteiligt, welches bis 2024 projektiert ist. Dieses Projekt erfuhr in der Zeit der Corona-Pandemie ab Frühjahr 2020 eine intensive Bearbeitung, da sich die weltweit agierenden Teilnehmenden gehäuft in Online-Konferenzen trafen. Diese nahmen Joachim Schmiedl auch wegen der Zeitverschiebung häufig die frühen Tagesstunden in Anspruch.